Proses penggunaan gejog lesung dimulai dengan menyiapkan padi yang akan ditumbuk. Padi yang masih berkulit harus dicuci terlebih dahulu dan dikeringkan. Setelah itu, padi dimasukkan ke dalam lesung dan alu digunakan untuk menumbuk padi tersebut. Biasanya, alu digerakkan secara bergantian oleh beberapa orang untuk mempercepat proses penumbukan.

Selama menumbuk padi, para penggunanya biasanya juga menyanyikan lagu-lagu atau berbicara untuk membuat suasana menjadi lebih menyenangkan. Selain itu, beberapa daerah juga memiliki kepercayaan bahwa menyanyikan lagu selama menumbuk padi dapat mempercepat proses penumbukan.

Setelah padi ditumbuk, kulit dan sekamnya dipisahkan dari beras yang telah dihasilkan. Biasanya, beras hasil penumbukan ini masih mengandung sedikit kulit dan butiran-butiran yang belum pecah, sehingga perlu diayak terlebih dahulu sebelum digunakan sebagai bahan makanan.